股权转让100万的应纳税额取决于以下情况：
1、法人或自然人股东转让100万元股权，需缴纳25%或20%的所得税。
2若为个人转让，转让部分股权实现利润，需按利润的20%缴纳个人所得税。
3、如果是公司，根据情况确认是否需要缴纳公司税。
此外，您必须缴纳转让金额的十分之五的印花税。实收股不能转为0元。依照法律规定，对于申报的股权转让收益明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可以核实股权转让收益。股权转让收益的列示低于股权对应的净资产份额的，应当认定股权转让收益明显偏低。主管税务机关应当按照净资产核算法、类比法等合理方法依次对股权转让所得进行核定。
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